有田川南岸の南石垣庄(有田川町 庄）にある。古く十劫山観仏寺という真言寺院があり、火災で焼失したが、正覺寺はその子院の一つであったと伝えられる。永禄十二年（一五六九）に畠山氏の命で徳田の大乗寺の末寺となり、浄土宗に改宗したという。